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在人和动物的粪便中有400多种细菌,土壤和地下水遭受细菌污染受多种因素的影响，细菌和病毒的存活时间、地下水流速、地层结构、pH值等。
用作饮用水指标的大肠菌类在人体及热血动物的肠胃中经常发现，它们是非致病菌。
地下水中已发现并引起水媒病传染的致病菌有：霍乱弧菌（霍乱病）、伤寒沙门氏菌（伤寒病）、志贺氏菌、沙门氏菌、肠道产毒大肠杆菌、胎儿弧菌、小结肠炎耶氏菌等，后五种病菌都会引起不同特征的肠胃病。
已鉴定出的病毒有100多种。病毒比细菌小得多，存活时间长，比细菌更易进入含水层。在地下水中已发现的病毒主要是肠道病毒，如脊髓灰质炎病毒、人肠道弧儿病毒、甲型柯萨奇病毒、新肠道病毒、甲型肝炎病毒、胃肠病毒、呼吸道肠道病毒、腺病毒等，每种病毒又有多种类型。
放射性：
原子核自发地放射出各种射线的现象，称放射性。
射线：氦原子核粒子流，贯穿能力很弱。射线：高速电子流，贯穿能力较强。射线：波长很短的电磁波，贯穿能力更强。